Группа ПЦР-диагностики

Телефон: (+375 17) 265-35-82

В феврале 2001 года под руководством д.м.н., профессора Г.Я. Хулупа в ЦНИЛ была организована группа ПЦР-диагностики. Задачей группы было выполнение молекулярно-биологических исследований различного биологического материала - крови, соскобов эпителиальных клеток из уретры, цервикального канала, рта, полости носа, прямой кишки, мочи. Проводилась подготовка образцов для ПЦР, амплификация, электрофорез и интерпретация полученных результатов, оказывалась консультативно-методическая и практическая помощь аспирантам и соискателям БелМАПО.

Cостав группы:

• Костюк С.А. – старший научный сотрудник, кандидат медицинских наук;
• Бадыгина Н.А. - научный сотрудник , кандидат биологических наук;
• Силич Т.В. – младший научный сотрудник;
• Полуян О.С. – младший научный сотрудник;
• Руденкова Т.В. - младший научный сотрудник;
• Кунай А.Ю. – лаборант ;
• Дышлевич Е.В. – лаборант.

Материально-техническая база группы:

• амплификатор ДНК многоканальный «Терцик» - термостат програмируемый четырехканальный для ПЦР анализа ТП-ПЦР-01 «Терцик» («ДНК-Технология», РФ, 2001г.);
• термоциклер «Rotor – Gene 3000» («Corbett research», Австралия, 2003);
• фотометр-флуориметр микропланшетный ФФМ-01 («Кортекс», РФ, 2003).
• генетический анализатор ABI Prism 310 («Applied biosystems»США, 2007);
• система выделения ДНК/РНК автоматическая «X-tractor gene SAS 18/20» («Corbett research», Австралия, 2007г.)
• анализатор роторный «Rotor – Gene 6000» («Corbett research», Австралия, 2008);
• спектрофотометр «NanoDrop 1000», Thermo scientific, США, 2008г.)

Методы и методики клинико-экспериментальных исследований, используемые в лаборатории:

1. Качественный анализ наличия ДНК возбудителей ИППП методом ПЦР с детекцией амплифицированной ДНК гель-электрофорезом;
2. Качественный анализ наличия ДНК возбудителей ИППП методом ПЦР с гибридизационной схемой детекции амплифицированной ДНК;
3. Качественное определение ДНК вируса гепатита В и С методом ПЦР с электрофоретической детекцией;
4. Количественный анализ числа копий ДНК Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum, Trichomonas vaginalis в соскобах эпителиальных клеток методом ПЦР в режиме реального времени;
5. Количественный анализ ДНК/РНК вирусов гепатитов В и С методом ПЦР в режиме реального времени.
6. Мультиплексная ПЦР в реальном времени для детекции ДНК Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum.
7. Секвенирование участков генов, ответственных за патогенные свойства возбудителей (MBA гена Ureaplasma urealyticum, гена адгезии p120’Mycoplasma hominis, гена главного мембранассоциированного белка omp-1 Chlamydia trachomatis, гена фермента PFOD Trichomonas vaginalis).

Основные направления научно-исследовательской деятельности

1. Совершенствование методических подходов к проведению полимеразной цепной реакции для повышения диагностической эффективности метода;
2. Оптимизация качественной и количественной диагностики вирусных гепатитов В и С методом полимеразной цепной реакции;
3. Выявление молекулярно-биологических особенностей возбудителей урогенитального микоплазмоза и трихомониаза, определяющих их патогенные свойства.
4. Молекулярно-генетический анализ ДНК возбудителей инфекционных заболеваний (секвенирование ДНК и ПЦР-амплификатов, анализ мутаций, серо- и генотипирование).
5. Выполнение НИР в рамках ГКПНИ «Современные технологии в медицине» раздел фундаментальных исследований «Молекулярно-генетические исследования и клеточные технологии в медицине»:
• «Разработать и внедрить алгоритм диагностических мероприятий по выявлению возбудителя Trichomonas vaginalis в биологическом материале и лечебную тактику ведения пациентов с различными клиническими формами поражения урогенитального тракта» Сроки выполнения 2009-2010 гг. Научный руководитель: к.м.н. Костюк С.А.
• «Разработать панель контрольных образцов ДНК Ureaplasma urealyticum и Mycoplasma hominis для проведения контроля качества молекулярно-биологических исследований».Сроки выполнения: 01. 2008 - 12. 2010 гг. Научный руководитель: к.м.н. Костюк С.А.
6. «Разработать и внедрить методические, информационные и программные средства по оценке риска возникновения внутрибольничных инфекций в учреждениях родовспоможения» Сроки выполнения 2009-2010 гг. Научный руководитель: д.м.н. Коломиец Н.Д.
   Оказание научно-практической помощи клиническим кафедрам БелМАПО по темам диссертационных исследований:
• «Лабораторно-диагностические особенности заболеваний урогенитального тракта, обусловленных ассоциациями возбудителей» Исполнитель: соискатель к.м.н., ст.н.с. ЦНИЛ Костюк С.А.
• «Выбор методов лечения заболеваний маргинального периодонта на основе микробиологической диагностики» Исполнитель: аспирант Люговская А.В. Научный руководитель: Юдина Н.А.
• «Молекулярно-биологическая диагностика ассоциированных хламидиально-микоплазменных инфекций при поражениях респираторного тракта у детей и подростков» Исполнитель: заочный аспирант Силич Т.В. Научный руководитель: к.м.н. Костюк С.А.
• «Оценка состояния фетоплацентарной системы у беременных женщин с латентным течением трихомонадной инфекции и разработка путей коррекции выявленных нарушений». Исполнитель: аспирант кафедры акушерства и гинекологии БелМАПО Гришкевич А.Н. Научный руководитель: к.м.н., Кулага О.К.

Предложения к сотрудничеству:

• Качественная и количественная диагностика возбудителей ИППП методом полимеразной цепной реакции;
• Качественная и количественная диагностика вирусных гепатитов В и С методом полимеразной цепной;
• Молекулярно-генетический анализ ДНК возбудителей инфекционных заболеваний.

Редакционно-издательская деятельность:

• Монография: Кулага, О.К. Ассоциированные урогенитальные инфекции в акушерстве и гинекологии: современный взгляд на проблему / О.К. Кулага, С.А. Костюк. – Минск : Змицер Колас, 2008. – 544 с.
• Статьи в рецензируемых журналах и сборниках – более 40 публикаций
• Статьи в сборниках научных трудов, материалах конференций – более 50 публикаций

Статьи:

1. Бадыгина Н.А., Костюк С.А., Полуян О.С., Силич Т.В. Полимеразная цепная реакция в определении активности микоплазменной инфекции урогенитального тракта
2. Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике: проблемы диагностического использования полимеразной цепной реакции.
3. С.А. Костюк, Н.А.Бадыгина Выявляемость возбудителей ИППП у женщин с воспалительными процессами урогенитального тракта и у их половых партнеров при использовании метода полимеразной цепной реакции.
4. Метод ПЦР

Инструкция по применению:

1. Костюк С. А., Хулуп Г.Я. Анализ наличия ДНК chlamydia trachomatis, mycoplasma hominis и ureaplasma urealyticum методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на основании оценки на этапе электрофореза размера, интенсивности свечения и молекулярной массы фрагмента молекулы ДНК
2. Костюк С. А., Хулуп Г.Я., Бадыгина Н.А. Прямой флуоресцентно-гибридизационный анализ днк хламидия трахоматис, микоплазма гоминис и уреаплазмы уреалитикум, амплифицированной методом полимеразной цепной реакции.
3. Сидоренко И.В., Хулуп Г.Я., Петрова Л.Г., Костюк С.А. Правила взятия биологического материала для определения атипичной микрофлоры при острых и хронических заболеваниях лор-органов методом полимеразной цепной реакции.
4. Костюк С.А., Хворик Д.Ф , Цыркунов В.М. Молекулярно-биологическая диагностика хламидиоза: требования по качеству и ошибки диагностики
5. Коломиец Н.Д., Костюк С.А., Тонко О.В., Сергейчик Н.Л., Левшина Н.Н. Организация работ в лабораториях, использующих метод полимеразной цепной реакции (ПЦР)
6. Хулуп Г.Я. Ключарева А.А. Костюк С.А. Бадыгина Н.А, Голобородько Н.В. Определение концентрации ДНК/РНК вирусов гепатитов в и с в плазме крови методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени.

Презентации:

• Структура ДНК (flash)

Патенты:

Способ определения устойчивости возбудителя урогенитальной инфекции Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis и Ureaplasma urealyticum к природному или полусинтетическому антибиотику тетрациклинового ряда : пат. 8624 Респ. Беларусь, МПК7 С 12 Q 1/04 G 01 N 33/50 / Г.Я. Хулуп, С.А. Костюк ; заявитель ГУО БелМАПО – № а 20030986 ; заявл. 29.10.2003 ; опубл. 30.06.05 // Афіцыйны бюл. / Нац. цэнтр інтэлектуал. уласнасці. – 2006. – № 2. – С. 174.

Способ определения возбудителей урогенитальных инфекций Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis и Ureaplasma urealyticum в исследуемом материале : пат. 7967 Респ. Беларусь, МПК7 С 12 Q 1/04 G 01 N 33/50 / Г.Я. Хулуп, С.А. Костюк ; заявитель ГУО БелМАПО – № а 20030985 ; заявл. 29.10.2003 ; опубл. 30.06.05 // Афіцыйны бюл. / Нац. цэнтр інтэлектуал. уласнасці. – 2006. – № 2. – С. 174.

Способ определения возбудителей урогенитальных инфекций Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis и Ureaplasma urealyticum в исследуемом материале : пат. 8164 Респ. Беларусь, МПК7 С 12 Q 1/04 G 01 N 33/50 / С.А. Костюк, Г.Я. Хулуп ; заявитель ГУО БелМАПО – № а 20030984 ; заявл. 29.10.2003 ; опубл. 30.06.05 // Афіцыйны бюл. / Нац. цэнтр інтэлектуал. уласнасці. – 2006. – № 2. – С. 173.

Способ определения устойчивости возбудителя урогенитальной инфекции возбудителя урогенитальной инфекции Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis и Ureaplasma urealyticum к природному или полусинтетическому 14- или 15-членному антибиотику группы макролидов : пат. 8646 Респ. Беларусь, МПК7 С 12 Q 1/04 G 01 N 33/50 / С.А. Костюк, Г.Я. Хулуп ; заявитель ГУО БелМАПО – № а 20030987 ; заявл. 29.10.2003 ; опубл. 30.12.06 // Афіцыйны бюл. / Нац. цэнтр інтэлектуал. уласнасці. – 2006. – № 2. – С. 173.

Способ выявления внутриутробных инфекций хламидийной, микоплазменной или трихомонадной этиологии у новорожденного : пат. 10314 Респ. Беларусь, МПК7 G 01 N 33/50 / Г.Я. Хулуп, Н.А. Бадыгина, С.А. Костюк, М.Н. Исмаил ; заявитель ГУО БелМАПО – № а 20050545 ; заявл. 02.06.2005 ; опубл. 28.02.08 // Афіцыйны бюл. / Нац. цэнтр інтэлектуал. уласнасці. – 2008. – № 1. – С. 171.

Способ определения концентрации ДНК Mycoplasma hominis и Ureaplasma urealyticum в эпителиальных клетках : пат. 10771 Респ. Беларусь, МПК7 G 01 N 33/50 / Бадыгина Н.А., Г.Я. Хулуп, С.А. Костюк ; заявитель ГУО БелМАПО – № а 20050482 ; заявл. 18.05.2005 ; опубл. 30.06.08 // Афіцыйны бюл. / Нац. цэнтр інтэлектуал. уласнасці. – 2008. – № 1. – С. 172.

Способ медикаментозного лечения эрозии шейки матки, вызванной смешанной патогенной флорой : пат. № 10082 Респ. Беларусь, МПК G 01 N 33/569/ О.К. Кулага, С.А. Костюк, Д.В. Бурьяк; заявители : О.К. Кулага, С.А. Костюк, Д.В. Бурьяк - № а 20060079 ; заявл. 30.01.06 ; опубл. 30.10.07 // Афiцыйны бюл. / Нац. Цэнтр iнтэлектуал. Уласнасцi. – 2007. - № 6 (59). – С. 149. .

Способ лечения урогенитальной инфекции, вызванной ассоциацией простейших, бактерий и вирусов : пат. № 11080 Респ. Беларусь, МПК А 61К 31/04, А 61К 31/7088 / О.К. Кулага, С.А. Костюк ; заявители : О.К. Кулага, С.А. Костюк - № а 20060869 ; заявл. 30.08.06 ; опубл. 30.08.08 // Афiцыйны бюл. / Нац. Цэнтр iнтэлектуал. Уласнасцi. – 2008. - № 4.

Решения о выдаче патента
Способ выделения ДНК Ureaplasma urealyticum или Mycoplasma hominis из жидкой культуральной среды : № а 20060462 от 23.05. 2008г. / Н.А. Бадыгина, С.А. Костюк, Н.Н. Полещук, Л.В. Рубаник.

Способ создания калибратора ДНК Ureaplasma urealyticum или Mycoplasma hominis : № а 20060463 от 23.10.2008г. / Хулуп Г.Я., Бадыгина Н.А., Костюк С.А., Кустанович А.М.